A SCMA dispõe de um vasto património, testemunho da sua centenária missão, constituído por acervos documentais, religiosos, médico-hospitalares e arquitectónico.

Do património arquitectónico destacamos a Igreja da Misericórdia, fundada a 10 de Setembro de 1551, conservando no interior uma lápide gravada com essa referida data. Do mirante, desta igreja tem-se uma vista privilegiada sobre a Vila de Alcáçovas.

A Igreja de São Francisco, edifício contíguo e comunicante com o edifício da "Casa do Povo", actualmente Creche da SCMA. Anteriormente denominada como Igreja de São Sebastião, estava associada ao Rossio de São Sebastião, simbolicamente conotado com o saneamento das pragas trazidas pelos forasteiros que chegavam à população.

O conjunto de edifícios da Misericórdia (Igreja. Hospital, Farmácia), localizados na Rua Direita, agora Rua Dr. Aleixo de Abreu, constituem os edifícios fundacionais da Santa Casa da Misericórdia.